Differenze di hardware, principalmente. Per quanto quello del gamecube sia di gran lunga più obsoleto i giochi erano pensati e sviluppati su un hardware preciso, molto diverso dai nostri pc.
L'emulatore inoltre è un software che traduce le istruzioni in modo che siano comprensibili per la cpu per cui è stato pensato, ognuna di queste può richiedere un numero imprecisato di cicli di clock e quindi le prestazioni inevitabilmente calano.
Senza contare poi che a differenza delle console, l'esecuzione dei giochi emulati avviene attraverso un sistema operativo che gestisce più processi e non direttamente via hardware.