La storia inizia con Cloud, un ragazzo di Nibelheim che vuole diventare SOLDIER e unirsi quindi all elite dei soldati della Shinra,una grande corporazione che mira a sukkiare la linfa del pianeta(lifestream,kiamata energia MAKO) per i propri scopi...
Tra tante vicende Cloud va con Sephiroth e Zack(amico di Cloud che si sacrifichera per lui e di cui Cloud stesso, all inizio del gioco assumera l identita in stato confusionale) a controllare un reattore proprio a Nibelheim citta natale di Cloud...č proprio in questa situazione che Sephiroth,colto da dubbi amletici sulle sue origini e su strani esperimenti che ha visto al reattore trova la pazzia convincendosi di essere stato creato da Jenova, un antico mostro forse piombato sul pianeta agli inizi del mondo,quando il pianeta stesso era abitato da una popolazione in grado di parlarlo e sentirlo:I cetra(detti antichi)
Tornando alla pazzia di Sephiroth,egli dopo aver scoperto le sue origini,torna al reattore per andare a trovare sua madre Jenova rinchiusa in una capsula come esperimento...come si scoprira verso la meta fine del gioco Zack e Cloud tenteranno di fermarlo ma entrambi con Tifa rimangono feriti nell impresa...Clud pero riesce prima a uccidere Sephiroth facendolo cadere nel pozzo di Mako energy....poi i 2 verranno portati in un laboratorio per essere"curati" pero Zack scappera cn Cloud(ridotto pero in stato critico)....Zack tentando di proteggerlo viene ucciso mentre Cloud,ancora stordito si risveglia rendendo suoi i ricordi e i pensieri che Zack gli aveva confidato....adesso comincia FFVII