Siamo sempre nel 1998 e gli avvenimenti risalgono a un giorno prima del primo Resident Evil. Come precedentemente detto, a causa di strani omicidi avvenuti nei dintorni di Raccoon City, il BRAVO Team viene inviato per investigare. Il BRAVO Team è composto da: il capitano Enrico Marini, il pilota Kevin Dooley, il copilota Edward Dewey, il tiratore scelto Forest Speyer, Kenneth j. Sullivan, Richard Aiken e Rebecca Chambers (esperta nel campo medico). Proprio quest’ultima è uno dei due personaggi che sarà possibile impersonare.
A causa di un guasto al motore del loro elicottero, i membri del Team BRAVO sono costretti ad un atterraggio di emergenza. Atterrati nel mezzo della foresta, rinvengono un camioncino cappottato con due cadaveri sbalzati poco fuori. I due sono stati brutalmente uccisi! Ma da chi? Rebecca rinviene la cartella di un detenuto che, dalla foto, sembra mancare all’appello. Si tratta di un certo Billy Coen accusato di aver ucciso 23 persone e, per questo, condannato a morte. Probabilmente si trovava all’interno del camioncino e stava per essere portato nel luogo dell’esecuzione. Che sia stato lui a uccidere i due poliziotti? Questo è il pensiero del gruppo che decide di separarsi e perlustrare meglio la zona…
Sotto una pioggia incessante e, accompagnata dai rumori sinistri degli animali presenti nella foresta, Rebecca scorge un treno fermo sulle rotaie. ‘Ecliptic Express’ recita la scritta su un vagone. Incuriosita, Rebecca decide di salire a bordo per investigare.
Il treno è apparentemente deserto ma, facendosi strada attraverso i vari vagoni, Rebecca rinviene dei cadaveri che, all’improvviso, cominciano a prendere vita e ad avventarsi su di lei. Terrorizzata non le resta che fare fuoco e, neutralizzatili, si chiede cosa stia succedendo nei dintorni…
Procedendo ulteriormente rinviene il cadavere di un inserviente. Mentre sta esaminando il corpo ecco che sente una voce alle sue spalle! Voltatasi riconosce, nell’uomo che le punta una pistola contro, Billy Coen!
Il giovane, dopo essersi accorto di avere di fronte un membro della S.T.A.R.S. decide di allontanarsi. Rebecca cerca di andargli incontro quando, dalla finestra del vagone viene catapultato dentro Edward ferito a morte. Edward ha solo il tempo di comunicare a Rebecca che la foresta pullula di zombie e di mostri prima di morire tra le sue braccia. Rebecca incontra nuovamente Billy che le chiede di collaborare. All’inizio la ragazza è contraria a collaborare con un assassino ma questo sembra essere l’unico modo per portare a casa la pelle! I due si separano e Rebecca viene colpita dalla vista di un anziano signore seduto ad un tavolo. Avvicinandosi a lui assiste ad una scena raccapricciante! Il vecchio solleva la testa verso di lei che si stacca cadendo per terra! In realtà quest’uomo è un agglomerato di sanguisughe che, insieme, formano una figura umana! Le sanguisughe attaccano Rebecca una volta che lei ha sparato contro il mostro e, grazie all’aiuto di Billy ,riesce a liberarsi. Non c’è neanche il tempo per i ringraziamenti che i due vengono attirati a guardare fuori la finestra del vagone. In mezzo alla pioggia, in cima ad una rupe, un giovane vestito di bianco intona un lugubre motivo attirando verso di sé una coda di sanguisughe!!! Il treno improvvisamente comincia a muoversi e Billy e Rebecca ,dopo tante peripezie, riescono a fermarlo prima che deragli. Il treno si ferma proprio sotto un enorme edificio: il Centro Ricerche dell’Umbrella!
Per i due malcapitati l’Umbrella non è altro che la famosa ditta farmaceutica e niente più…
Rebecca, salendo le scale, nota un quadro raffigurante un uomo che riconosce essere il vecchio seduto al tavolino del treno. La scritta sotto il quadro recita: Dottor. James Marcus direttore generale del Centro Ricerche. I due si soffermano davanti al quadro e non si rendono conto di essere osservati. In un’altra sala dell’edificio stanno ad osservarli due individui. Si tratta di Albert Wesker e di William Birkin. Mentre i due uomini si chiedono chi siano gli intrusi ecco che vengono richiamati da un giovane che appare sullo schermo! Si tratta dello stesso giovane vestito di bianco che cantava fuori dal treno. Il giovane afferma di essere stato lui ad aver diffuso il virus all’interno del treno e anche all’interno del Centro Ricerche per vendicarsi dell’Umbrella! Infatti accusa Wesker e Birkin di aver collaborato all’omicidio del dottor Marcus 10 anni prima.
La scena ritorna ai due protagonisti. Rebecca e Billy si accorgono che tutte le porte del Centro sono chiuse e cercano di trovare un’altra via di fuga.
Dopo mille peripezie durante le quali si imbattono in zombie ambulanti, ragni, millepiedi giganti, uomini-sanguisuga (detti Leech) e tanti altri mostri, Rebecca cade in una trappola ma grazie a Billy riesce a venirene fuori. In questa occasione Rebecca chiede a Billy di raccontarle la sua storia perché non crede che possa essersi macchiato dell’omicidio di 23 persone innocenti. Billy racconta allora il suo passato. Egli faceva parte dei Marines ed era stato mandato in Africa per sedare una guerra civile. Molti dei suoi compagni non sopravvissero a causa del clima inospitale e agli attacchi di alcuni guerriglieri e alla fine rimasero soltanto in quattro. In realtà non esisteva nessun nascondiglio di guerriglieri ma la missione si era basata su false informazioni. Per non ammettere l’errore commesso il gruppo di Billy riceve l’ordine di uccidere alcuni indigeni innocenti. Billy cerca in tutti i modi di impedire questo massacro ma ogni suo tentativo è inutile. Rebecca capisce quindi che Billy è innocente e non è stato nemmeno lui ad aggredire i poliziotti del camioncino ma la colpa è stata dei cani-zombie. Chiariti tutti i malintesi i due continuano l’avventura cercando una via di fuga finchè non giungono davanti al giovane vestito di bianco. Qui tutti i dubbi vengono chiariti. Il giovane non è altri che il Dr.Marcus. Il Dr. Marcus fu il creatore del virus detto ‘Progenitore’. I suoi studi principali si svolgevano sulle sanguisughe ed è grazie ai suoi studi che si è giunti a creare il T-virus. Il Dr. Marcus lavorava per Spencer ma quando quest’ultimo si rese conto che il ricercatore stava prendendo troppo campo decise di eliminarlo e affidò a Wesker e Birkin il compito di proseguire i suoi studi.
Ma la sanguisuga regina riuscì a infiltrarsi nel corpo del Dr.Marcus e, con gli anni, questi potè tornare in vita e consumare la sua vendetta. Rebecca e Billy non sono disposti a soccombere e decidono di combattere. A questo punto la sanguisuga regina presente all’interno del corpo del Dr. Marcus prende il sopravvento e si trasforma in una creatura dalle enormi dimensioni. Nonostante la creatura sia più resistente del previsto i due protagonisti si accorgono che risente della luce del sole. Grazie a un gioco di squadra in cui Billy distrae la sanguisuga mentre Rebecca aziona i dispositivi che permettono di aprire il tetto e far penetrare la luce del sole, riescono ad avere la meglio sul mostro.
E’ giunta l’ora di salutarsi. Rebecca decide di far credere ai suoi superiori che il ‘presunto’ assassino Billy Coen sia morto e così permette a Billy di rifarsi una vita. Rebecca decide di dirigersi verso la villa Spencer dove Enrico le aveva detto di recarsi…
Il gioco si conclude con l’immagine suggestiva di una farfalla imprigionata in una ragnatela e, sullo sfondo, la villa Spencer che è tutt’altro che un rifugio sicuro…