Secondo una recente pubblicazione di Famitsu Weekly,un'importante rivista giapponese di Videogame, il nuovo character design non è il solo cambiamento per l'imminente sequel di Xenosaga.
Monolith soft. intende migliorare il sistema di combattimento aumentando la velocità generale e aggiungendo più opzioni. In aggiunta, i membri del party saranno visibili sul campo.
Quelli che hanno conservato il loro salvataggio da xenosaga ep.I potranno caricarlo e scoprire bonus aggiuntivi in Ep. II. Ciò non è obbligatorio, come novelli della serie sarà possibile godersi la saga senza la conoscenza dei contenuti del capitolo precedente.