Sheriff
beh non sono un esperto in Linux ma non penso che ci voglia una scienza per farlo.
secondo me per andare sul sicuro fai che fare da Windows, 2 partizioni sul terzo hdd dove vuoi installare Linux: una di grandezza a tuo piacimento (dove andrai ad installare Ubuntu) e un'altra da 500MB circa che andrai in seguito a formattare come partizione di swap linux. la prima invece la devi formattare col file systema ext2fs che utilizza Linux.
poi al momento dell'installazione scegli la partizione grande che hai appena creato e parti. sempre durante l'installazione ti metterà in automatico anche un boot-loader.