La falsariga è quella del primo episodio: 4 guerrieri predestinati per la classica storia dei cristalli legati agli elementi. Alla base della storia di FFIII vi è un mago potentissimo che nel corso della storia distribuì la sua conoscenza in tre principali discepoli, Dorga, Unne e Zande. Tuttavia, quest'ultimo, userà i suoi poteri per scopi malvagi, diventando così il principale obiettivo del party. In suo aiuto, accantonati i kaos, ci saranno 4 nuovi boss elementali: Cerberus, Echidna, 2 Headed Dragon e Ahriman.
In realtà vi è una minaccia ancora più grande, ma il vero nemico verrà svelato non prima della fine del gioco.