Max, dopo essere riuscito a sgominare la banda di criminali di cui si tratta nel primo episodio, è ritornato nella
polizia di
New York (alla fine del primo capitolo era stato arrestato, ma poi il ricco ed influente Alfred Woden è intevenuto in suo favore), ma è sempre tormentato dai ricordi. La banda dei "ripulitori" sta prendendo piede in città, ma non è la sola. Max si ritrova così coinvolto in una guerra fra bande che vede contrapporsi Vladimir Lem e Vinnie Gognitti, due sue vecchie conoscenze.
Durante una delle sue missioni incontra nuovamente Mona Sax, una donna
killer che aveva conosciuto nel primo episodio e che ora vive in una sorta di
casa stregata da
luna park abbandonata. Max e Mona si ritrovano a lavorare fianco a fianco (ed in alcune occasioni il giocatore si ritrova anche a comandare direttamente la donna, specializzata nel ruolo di
cecchino), e fra loro nasce una forte attrazione. Tanto che Max, per salvarla, spara a Valerie Winterson, una poliziotta che voleva ucciderla. In realtà la poliziotta era corrotta, ma comunque questo gesto mette nuovamente Max nei guai con la giustizia. Dopo la caduta da un'impalcatura, Max si sveglia all'ospedale che si era visto all'inizio del gioco