Abeh, io ormai in 15 minuti smonto e rimonto il pc
Se poi c'è poca roba dentro ci vogliono 5 minuti...
Alla fine, diventa una cosa meccanica, a meno che di non avere particolare rotture (la parte più triste è quando un cavo è troppo corto/non hai idea di come farlo passare in mezzo a tutto il resto là dentro...) una volta imparato non te lo scordi più.
All' OP:
1) Nessun settaggio particolare, ormai tutte le mobo prendono in automatico timing/fsb & co.
Setta al limite il lettore ottico come periferica di boot per installare vista.
2) Mmm... più che "software pesanti" comincia con il fare i vari test di base, ad esempio vedi se ti gira Super_PI, magari se hai tempo fai quello da 32M (ci metterà da 20 min a 1 ora, a seconda della cpu e delle ram) e magari dopo fai partire Prime 95 e controlla le temperature.
Ah, e
ricorda ovviamente la pasta termica sulla cpu
E di collegare tutti gli eventuali cavi di alimentazione alla mobo.