Operación Puerto
Il 30 giugno 2006, dopo uno scandalo scoppiato in Spagna relativo al doping chiamato Operación Puerto, Ivan Basso viene estromesso dalla partecipazione al Tour de France, che sarebbe iniziato il giorno successivo: alla vigilia era considerato uno dei favoriti per la vittoria finale della corsa con Jan Ullrich, anche lui coinvolto nello scandalo. Il Tour viene vinto dall' americano Floyd Landis ma la vittoria dell'americano è stata annullata, e così il Tour viene assegnato allo spagnolo Oscar Pereiro Sio.
In seguito a questo scandalo, Basso viene sospeso dalla propria squadra, e anche il suo direttore sportivo Bjarne Riis prende le distanze da lui. Successivamente, la mancanza di sviluppi della vicenda porta lo stesso Rijs a una riapertura e a un possibile ritorno del corridore nella Csc. Il 12 ottobre la Procura antidoping del CONI archivia l'inchiesta nei confronti del varesino, che è quindi libero di tornare alle corse.
Il 18 ottobre, avviene il divorzio consensuale tra il corridore varesino a il team di Bjarne Rijs. In una lettera aperta Basso ha comunque ringraziato la CSC e Rijs per il supporto e le opportunità concessegli negli anni in cui ha gareggiato con loro, affermando di volersi rimettere in gioco con la speranza di poter trovare la stessa professionalità trovata nella squadra danese. L'8 novembre viene ufficializzato il passaggio alla Discovery Channel.
Il 24 aprile 2007, Basso viene sospeso dalla Discovery Channel in seguito alla riapertura del caso Operación Puerto da parte del CONI. Il 30 aprile, il Team annuncia che il contratto di Basso sarà rescisso. Dal canto suo, Basso chiede di abbandonare la squadra per "motivi personali legati alla riapertura delle indagini da parte del CONI." Basso s'incontra quindi con Bill Stapleton, General Manager della Discovery Channel, e Johan Bruyneel, Direttore della squadra; i due si dicono d'accordo nel consentire a Basso di abbandonare la squadra americana[1].
Il 7 maggio Ivan Basso ammette le proprie responsabilità, confessando il tentativo di utilizzare pratiche dopanti (l'autoemotrasfusione) in vista del tour 2007, e decide di collaborare con la procura antidoping del Coni, primo in Italia a compiere una simile scelta. Il presidente della Federciclismo, per evitare un altro "caso Pantani", ha chiesto alla stampa e all'opinione pubblica di rimanere vicino al corridore varesino. [2]. Il giorno successivo rettificherà le proprie dichiarazioni, ammettendo di aver contattato Fuentes (medico coinvolto nell'Operaciòn Puerto) in un momento di debolezza ed essere a conoscenza del giro di sostanze dopanti, ma di non averne mai fatto uso[3].
Il 15 giugno è stato condannato a due anni di squalifica dalla Commissione disciplinare della Federciclismo italiana, periodo al quale vanno detratti i 7 mesi e 24 giorni gia' scontati. Pertanto potrà ritornare a gareggiare il 24 ottobre del 2008.
Nell'aprile 2008, Basso e la Liquigas hanno annunciato di aver raggiunto un accordo per le stagioni 2009 e 2010.