In Clear sky, arrivi alla centrale nucleare e devi impedire a Strelock di raggingere il "fulcro" della zona (presumo il monolite). Questo perche', ogni volta che viene violata la centrale si scatena il "Blowout", quella anomalia che ti becca all'inizio.
Ora Strelock, non si sa' bene come, e' riuscito a sviluppare una sorta di immunita' a questa anomalia, mentre a tutti gli altri si fotte il cervello (te compreso, che ne hai gia' subite diverse

)
Una volta fermato Strelock pero', l'anomalia scoppia ugualmente e tutti quelli che sono presenti sul luogo vengono beccati, e fanno una brutta fine.
Ora il video finale credo vada inteso in questo modo, o almeno io penso sia piu' o meno cosi': tutti i corpi in stato di incoscenza vengono accatastati nel magazzino, compreso quello di Strelok (con il famoso tatuaggio sul braccio, S.T.A.L.K.E.R.)
Successivamente verrano trasportati da qualche altra parte. E Durante questo trasporto, il corpo di Strelock (che aveva sviluppato l'immunita') casca dal camion e riprende conoscenza, pur non ricordandosi una mazza (Inizio di SoC dove si impersona Strelock)
Ora, il finale e' un po' ambiguo perche' deve essere di collegamento con SoC (Infatti CS e' il prequel)
Spero di essere stato esaustivo, anche se devo dire che anche io alla fine non sono stato molto attento alla trama, visto che avevo fretta di concludere il gioco
