Inox
Io sinceramente non penso che sia proprio quello il problema, ovvero l'eliminazione del Java a compromettere l'avvio degli .Exe , penso di più che tu abbia eliminato qualche file di sistema e implicato di conseguenza la stabilità del medesimo.
Io ti consiglio di entrare di nuovo in modalità provvisoria, e fare un ripristino, per poter usare programmi "validi" per la rimozione di questi malware, senza andare a danneggiare ulteriormente parti del sistema che non consentono poi le classiche operazioni di routine.