consiglio.
perchè non provi ad alzare un po il clock di quel processore?
le pci-ex sono strettamente collegate al processore, percui più gira il processore, meglio va la vga. se hai voglia di mettertici potresti risolvere il problema a spesa 0 (chiaramente tenendo conto anche di temperature ecc ecc).
è un consiglio che do poi vedi tu.
per la scheda video dipende anche quanto ci vuoi spendere.
e per la storia della compatibilità coi sistemi linux stai parlando con l'unica persona della terra che con due vga ati, linux non ha mai dato nessun problema, da quando ho messo la 8800gt sul pc secondario non c'è verso di entrare in kubuntu