Qualche tempo fa ho fatto la tua stessa domanda e un utente mi ha risposto così:
"Io ho rimediato al bug senza usare un'altra memory card, prima inizia la chronistoria e completala e dopo fai la storia delle anime e il bug non ti spunta."
Io però ancora non l'ho nemmeno cominciato SC 3, quindi non posso confermarti la cosa!
Proprio ieri però mi è capitato di leggere, in questa stessa sezione del Forum, che il gioco sembra avere anche un bug per quanto riguarda la modalità cronistoria in sè: e cioè che alcune volte sembra non far salvare (bug non di poco conto sinceramente).
Per quello che mi riguarda, siccome al momento sto giocando con Dragon Quest e ho tantissime ore di gioco, non voglio rischiare di perdere alcun salvataggio. Quindi SC 3 lo comincio appena finisco l'immenso DQ.
Ti consiglio vivamente di prendere una Memory Card (sempre originale Sony ovviamente) e dedicarla esclusivamente al gioco Namco (tanto in questo periodo costano pochissimo le Memory, anche nuove).
Crash!