Prima parte
Il personaggio principale della storia è il giovane Gabriel Laymann (Tobias Sammet), novizio dell'ordine domenicano nell'abbazia di Mainz. È l'anno 1602, e insieme al resto dell'ordine, Gabriel prende parte alla caccia delle streghe. Ma quando si riunisce inaspettatamente alla sua sorella acquisita Anna Held (Sharon den Adel), mentre questa sta aspettando di essere giudicata come strega, Gabriel comincia ad avere dei dubbi. Si introduce furtivamente nella libreria, dove legge un libro proibito (Malleus Maleficarum). Il suo mentore Bruder Jakob (David DeFeis) lo scopre, e Gabriel viene gettato nei sotterranei.
Là incontra un vecchio, Lugaid Vandroiy (Michael Kiske), che si presenta come un druido (Reach Out For The Light). Racconta a Gabriel di un'altra dimensione, il mondo di Avantasia, che è in grave pericolo. Gli offre il suo aiuto per salvare Anna se Gabriel acconsente ad aiutare Avantasia. Riescono a fuggire (Breaking Away), e Vandroiy conduce Gabriel ad una vecchia miniera, che nasconde un portale tra le due dimensioni, e lo usa per mandare Gabriel ad Avantasia.
Nel frattempo, Bailiff Johann von Bicken (Rob Rock), il vescovo di Mainz, Bruder Jakob e l'alto magistrato Falk von Kronberg (Ralf Zdiarstek) sono sulla via per Roma per incontrare Papa Clemente VIII (Glory of Rome); con loro hanno il libro letto da Gabriel. Vecchi documenti raccontano che il libro fosse l'ultimo di sette parti di un sigillo che avrebbe portato al suo possessore la saggezza assoluta se fosse stato portato alla torre al centro di Avantasia.
Quando Gabriel arriva ad Avantasia (Avantasia) è accolto da due abitanti, l'elfo Elderane (André Matos) e il nano Regrin (Kai Hansen) (Inside). Gli narrono della guerra contro le forze del male, dei piani del papa e delle sue conseguenze (Sign Of The Cross). Se il papa avesse usato il sigillo, il legame tra Avantasia e il mondo umano sarebbe stato distrutto con gravi conseguenze per entrambi i mondi. Gabriel arriva giusto in tempo alla torre, e mentre il papa parla ad una misteriosa voce (Timo Tolkki) dall'interno, riesce a rubare il sigillo e a riportarlo alla città degli elfi (The Tower).
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Seconda parte
Gabriel non è ancora soddisfatto; vuole sapere altro su Avantasia, così Elderane lo manda all'albero della conoscenza (Bob Catley). Là Gabriel ha una visione di Bruder Jakob che sopporta un grandissimo dolore in un lago di fiamme (The Final Sacrifice). Elderane gli racconta di un grande calice d'oro che si trova nelle catacombe di Roma, nelle quali sono rinchiuse una moltitudine di anime torturate, e lo mette in guardia contro la bestia a guardia del calice. Nonostante il tentativo degli elfi di scoraggiarli, Gabriel e Regrin ritornano nel mondo degli uomini, trovano il calice e lo distruggono, permettendo così alle anime di scappare (Chalice of Agony). La bestia si sveglia e li attacca entrambi; il nano viene ucciso, ma Gabriel riesce a sfuggirgli.
Dopodiché Gabriel ritorna da Vandroiy, che lo stava aspettando. Il druido rispetta il patto e si intrufola nelle prigioni di notte per liberare Anna. Là trova un "purificato" Bruder Jakob che pianificava di fare lo stesso. Fald von Kronberg, che cominciava ad avere dei dubbi sulle proprie azioni, li trova e si appresta ad arrestarli. Comincia il combattimento nel quale Kronberg uccide Vandroiy e poi viene trucidato da Bruder Jackob. Anna può fuggire e si riunisce a Gabriel. Insieme vanno verso il loro futuro sconosciuto (Into The Unknown).