Guarda, la cosa mi fa un po' strano. Cioè, l'effetto che ti si presenta effettivamente è un problema che potrebbe risedere nell'hard disk, ma non necessariamente; io per esempio ho un maxtor che fa le bizze da quando è montato, e i problemi più grandi me li da quando gioco, non quando scarico.
Fa una cosa; quando avvii e dici che non parte windows, cerca di carpire dalla schermata iniziale (sempre che ci sia) se effettivamente non legge l'hard disk. Se invece lo legge, il problema potrebbe stare da un'altra parte.