Molti anni dopo il disastro di Chernobyl, la Zona viene occupata e riutilizzata per molti progetti di ricerca segreti Sovietici. Molti laboratori vennero costruiti sotto fabbriche, depositi e basi militari abbandonati dopo il disastro, mentre il più grande di tutti venne costruito dietro al Reattore 4 (quello dell'esplosione). I principali obiettivi di queste ricerche segrete furnono incentrati su esperimenti sulla mente umana, come migliorare capacità telepatiche o sviluppare armi Psichiotroniche (cioè che funzionavano con la forza della mente). Il vero scopo era però quello di creare una "Mente Umana Comune". Questo progetto venne chiamato C-Consciousness Project o Collective Consciousness Project. Poco tempo dopo da che venne creata con successo questa C-Consciousness grazie alla fusione di 8 menti umane tramite un'interfaccia computerizzata, l'Unione Sovietica collassa. Negli anni seguenti la maggior parte dei laboratori nella Zona vennero abbandonati, mentre quelli ancora in funzione vennero presi sotto il controllo di questa C-Consciousness, dato che era capace di modificare e controllare la Noosfera, l'insieme di tutti i pensieri e le menti. (così come la Biosfera è l'insieme degli esseri viventi) L'obiettivo di questi 8 che compongono la C-Consciousness, è quello di portare la pace mondiale controllando loro stessi tutte le menti umane. Sfortunatamente nel 2006 (anno del secondo incidente) durante il loro tentativo più imponente ci fu un incidente, e si sprigionò un'esplosione di forza fisica e psichica e la parte di Noosfera intorno al laboratorio dove si trovava questo computer a cui erano collegati gli 8 scienziati si distorse e modificò, creando tutte quelle anomalie e strane creature che popolano la Zona nel 2012. Per nascondere il loro errore e la loro esistenza dalle sempre più invadenti incursioni dei nuovi arrivati STALKER, crearono il Monolite Alieno all'interno del Reattore 4 e usarono le loro capacità di controllare le menti per creare il Culto del Monolite, i cui adepti in pratica impediscono a chiunque di avvicinarsi alle macerie di Chernobyl, dove si trova il laboratorio. Trasformarono la stazione radar vicino a Pripjat nel famigerato Bruciacervella, che trasformava chiunque non fosse adeguatamente protetto in uno zombie idiota. Alcuni di essi vennero scelti dagli scenziati per diventare o altri cultisti Monolith oppure "Agenti" che disseminassero per la Zona storie su una "Stanza dei Desideri", in modo da direzionare chiunque fosse riuscito a evitare il bruciacervella e anche i Monolith direttamente al Monolite e che non si mettesse a esplorare in giro magari trovando il laboratorio. Questo durò per molti anni, ma ogni tanto servivano agenti di particolare abilità per missioni di un certo tipo. Quindi gli STALKER di particolare abilità venivano catturati, gli veniva fatto il lavaggio del cervello e venivano rispediti verso le parti esterne della zona su i famigerati "Dead Trucks" e con un marchio, S.T.A.L.K.E.R. appunto. E qui entra in gioco il nostro personaggio! Forse (spero) alcuni di voi avranno capito che il nostro caro protagonista non è altri che Strelok! Infatti Strelok con il suo gruppo di avventurieri (come ad esempio Il Fantasma) molto al di sopra della media, avevano pianificato di passare il bruciacervella, superare i monolith e scoprire sia la famigerata Stanza dei Desideri che la Porta Segreta dietro al Monolite, ma anche di trovare delle prove che smascherassero la cospirazione di chi secondo loro nascondeva il vero Segreto della Zona (che però ignoravano completamente). Il primo tentativo non andò a buon fine, in quanto arrivati alla Porta non avevano un decodificatore per aprirla. Si ritirarono. Tornarono in seguito, ma questa volta i Monolith erano preparati e non c'era più l'effetto sorpresa. Arrivati a Pripjat Strelok finì in un'Anomalia che lo fece svenire. Un soggetto perfetto per il ricondizionamento mentale insomma! Sorse però un grandissimo problema: la C-Consciousness non conosceva l'identità di questo prigioniero, a cui venne data perlappunto la missione di.... Uccidere STRELOK! ebbene si! Essendo diventato una minaccia per la segretezza del C-Consciousness era l'obiettivo primario del nuovo agente. La distruzione del Death Truck su cui veniva trasportato Strelok fece perdere quasi totalmente il controllo della C-Consciousness su di lui, lasciandolo con solo il ricordo della sua missione. In pratica se voi completaste il gioco in tutte le sue parti dovreste arrivare alla Centrale di Chernobyl con il decodificatore per la porta e parlerete con uno scenziato, dove vi verrà chiesto di unirvi agli 8, quindi mantenere ancora segreta l'origine della Zona e rafforzare la C-Consciousness tanto da completare il loro potere sul mondo. In alternativa potrete rifiutare e dopo aver passato almeno 20 teletrasporti e decine di Monolith arriverete quindi al vero cuore del laboratorio, dove sono immersi in cilindri gli scenziati partecipanti al progetto. In questo caso e solo in questo caso vedrete il vero finale del gioco.