La vicenda inizia dopo che il vostro areo è caduto in acque gelide e sconosciute, dove vi imbatterete in una batisfera arruginita con la quale scenderete a esplorare Rapture , una città nascosta sotto il mare. Realizzata mirando a una società idealistica per un selezionato gruppo di scienziati, artisti e instrustriali, vi accorgerete subito che le cose non sono andate come avrebbero dovuto. La città è infatti piena di cadaveri, nei corridoi si aggirano potenti guardiani e inquietanti ragazzine, cittadini geneticamente mutati sembra non vogliano fare altro che tendervi un'imboscata... BioShock vi costringerà a scegliere fino a dove vorrete spingervi e quanto della vostra umanità vorrete sacrificare per salvare la vostra vita.