Nel maggio
1999 Schuldiner iniziò a sentire forti dolori alla parte superiore del collo. Inizialmente il musicista pensò fosse un semplice problema dovuto ai nervi, ma decise comunque di farsi visitare da un medico il quale gli consigliò immediatamente di sottoporsi a un esame
MRI. La visita diede esito positivo e, nello stesso giorno del suo trentaduesimo compleanno, gli fu definitivamente diagnosticato un
glioma pontino, una
neoplasia che colpisce il
tronco encefalico e che costrinse il musicista ad un'immediata
radioterapia.
Nell'ottobre 1999 la famiglia Schuldiner annunciò che il tumore aveva risposto alla terapia e che Charles era sulla via della guarigione. Nel gennaio
2000 fu operato nel tentativo di rimuovere il tumore residuo. L'operazione ebbe esito positivo, ma la famiglia del chitarrista entrò in grave crisi finanziaria a causa del costo dell'operazione che si aggirava sui 70,000 dollari. Furono così organizzate molte attività, concerti e festival come il
Thrash Of The Titans, in modo da raccogliere fondi per aiutare Schuldiner e la sua famiglia nelle pesanti spese che, se non sostenute, lo avrebbero condannato ad una morte certa. Dopo poche settimane dall'intervento i dottori si accorsero che la diagnosi iniziale era però sbagliata e che la neoplasia non era ancora stata totalmente debellata dal cervello del chitarrista.
Nel frattempo Schuldiner aveva continuato a lavorare sulla sua musica e per i Control Denied, componendo una decina di nuovi brani da pubblicare nel nuovo disco del gruppo. Dopo un anno dalla prima diagnosi, nel maggio
2000 la neoplasia recidivò e Schuldiner si ammalò nuovamente in modo serio. Per le prime settimane il musicista non poté svolgere le cure del caso a causa di nuovi problemi finanziari, risolti però in poco tempo grazie a molti aiuti, giunti anche da parte di numerosi e celebri colleghi.
Schuldiner iniziò a svolgere la
chemioterapia a base di
vincristina. Dopo un iniziale giovamento, ben presto il pesante trattamento lo indebolì fisicamente. A due anni e mezzo dalla diagnosi ed ormai allo stremo delle forze, alle 4 del pomeriggio del
13 dicembre 2001 (un'ora dopo essere stato dimesso dall'ospedale), Charles Michael Schuldiner morì nella sua casa, accanto ai suoi cari, a causa di una grave
polmonite.