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All'interno di una struttura della Armacham Technology Corporation (ATC), un'industria fornitrice di materiale bellico per il Ministero della Difesa statunitense, è in atto una vera e propria crisi; a quanto pare alcuni soldati, guidati dal loro capo Paxton Fettel, hanno perso il controllo e si sono scagliati contro la sicurezza. Questi soldati non sono tuttavia uomini comuni, bensì i membri di un battaglione di cloni militari (detti "Replicanti") altamente addestrati, controllati per via telepatica da Fettel stesso.
Gli agenti della squadra speciale segreta F.E.A.R. sono chiamati ad intervenire per risolvere la crisi e il comandante Rowdy Betters convoca i suoi uomini per un briefing: il nuovo apripista (personaggio protagonista controllato dal giocatore) è un recente acquisto della squadra ed un uomo silenzioso (infatti non lo si sente parlare per tutta la durata del gioco), ma dotato di tempi di reazione così veloci da poter compiere anche le manovre più complesse con precisione estrema ed in tempi brevissimi, come se il mondo attorno a lui andasse al rallentatore; Spen Jankowski è un veterano di F.E.A.R., calvo, robusto e con il vizio di non tenere mai chiusa la bocca; completa la squadra Jin Sun-Kwon, una donna di origini Coreane-Americane con il doppio ruolo di medico del team ed esperta di analisi forensi. Gli obiettivi delineati per F.E.A.R. sono di portare in salvo eventuali ostaggi e di eliminare Fettel, così da arrestare i suoi soldati. Seguendo i movimenti di Fettel via satellite, grazie ad un chip impiantato nel cranio dell'uomo, gli agenti F.E.A.R. visitano diverse località, venendo coinvolti nell'aggravarsi della crisi: civili ed impiegati ATC vengono trovati morti e diverse unità della Delta Force rimangono uccise da inspiegabili fenomeni paranormali. Come se ciò non bastasse Jankowski sparisce senza lasciare traccia ed il protagonista è affetto da improvvise allucinazioni. Sempre inseguendo Fettel, il nostro personaggio si infiltra nella sede centrale della ATC, dove per salvare alcuni ostaggi si trova a fare i conti non solo con i replicanti, ma anche con le forze di sicurezza Armacham ed alcuni impiegati dell'azienda, che non esitano a sparare sull'agente F.E.A.R. nell'intento di nascondere i segreti dei loro progetti militari. Esplorando gli uffici ed i laboratori dell'ATC vengono tuttavia a galla alcuni di tali segreti: Fettel è il secondo prototipo di un progetto noto come "Origin", con il quale la ATC ha cercato di produrre telepati a scopo militare; questi individui dovevano essere ottenuti per gestazione da una potente medium, una bambina di nome Alma. Il primo prototipo di Origin fu considerato un fallimento, al contrario del secondo, ma alla Armacham non avevano fatto i conti con i poteri di Alma; la donna, per vendircarsi del trattamento subito, ha usato la sua forza psichica per scatenare Fettel contro la ATC. I ricercatori si vedono costrettai a togliere l'energia alla camera in cui Alma è tenuta in criostasi; la donna viene creduta morta, sino a che la presidentessa della ATC decide di riaprire la struttura Origin dove si trovava la camera: apparentemente è stata proprio questa decisione a scatenare la crisi.
A questo punto l'apripista F.E.A.R. si dirige verso la struttura Origin, convinto che Fettel sia diretto proprio lì per liberare sua madre Alma. Facendosi largo fra le forze replicanti e gli uomini ATC, il protagonista giunge finalmente ad un faccia a faccia con Fettel: la sfida ha luogo in una visione, in cui il nostro personaggio viene identificato come il primo prototipo di Origin, ma nonostante la terribile rivelazione egli riesce a vincere l'allucinazione ed eliminare Fettel. Quando tutto sembra finalmente risolto fa la sua comparsa un ricercatore ATC, Harlan Wade, padre del progetto Origin: l'uomo vuole liberare Alma dalla sua camera ed il protagonista non riesce ad impedirlo. È così che una figura di donna nuda, sanguinante ed emaciata compare vicino a Wade uccidendolo; non contenta Alma evoca terribili fantasmi che invandono la struttura, tanto che l'apripista F.E.A.R. prende la decisione di far saltare in aria l'edificio sabotandone il reattore nucleare. La sua azione riesce, nonostante le apparizioni e le allucinazioni di Alma tentino di fermarlo, tuttavia egli non riesce a mettersi in salvo dall'esplosione, che lo investe in pieno. Il nostro personaggio però miracolosamente sopravvive e viene recuperato da un elicottero militare insieme ad alcuni suoi colleghi. Mentre l'elicottero si allontana dal luogo dell'esplosione, Alma appare sul mezzo, nel tentativo di introdursi in cabina: apparentemente la sua sete di vendetta non è ancora placata...
Dopo i riconoscimenti del gioco, una telefonata della presidentessa ATC informa un misterioso senatore che la situazione è finalmente sotto controllo, e che il primo prototipo (il protagonista) si è rivelato un successo.
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