In seguito all'attacco perpetrato da Pain, aka Nagato, ai danni del villaggio della foglia, Naruto è arrivato vicinissimo al rilascio della nona coda, a salvarlo da morte certa però è intervenuto niente meno che lo spirito di Minato Namikaze, 4° Hokage nonchè padre di Naruto, che si è scoperto condividere la stessa sorte del Kyubi ossia quella di essere imprigionato nel corpo del protagonista, la rivelazione della parentela tra i due lascia di stucco Naruto che, senza pensarci troppo, assesta un bel cazzotto al padre per le sofferenze che ha dovuto patire a causa del demone sigillato in lui fin da neonato, per fortuna Naruto con l'aiuto del padre ritrova la ragione e riesce a sopprimere nuovamente lo spirito del Kyubi e a riprendere il controllo di se stesso per il faccia a faccia con Nagato, individuato grazie alla Sennin Mode.
Dopo un lungo discorso tra i due Nagato si convince che la via scelta da Naruto potrebbe davvero fare la differenza nel mondo ninja e decide di dargli fiducia, come ultimo gesto quindi si sacrifica, usando tutto il chakra che gli rimane, per riportare in vita tutti gli abitanti del villaggio morti per mano sua..
Tsunade però, stremata per aver esaurito la sua riserva di chakra contenuta nel sigillo sulla fronte, cade in uno stato comatoso apparentemente inguaribile, a peggiorare la situazione si presentano tre ninja del villaggio delle nuvole che intendono esporre la situazione riguardo Sasuke-Killer Bee all'Hokage in carica, essendo però Tsunade impossibilitata a rispondere il consiglio del villaggio nomina Danzou 6° Hokage, quest'ultimo dà il via libera ai tre ninja di procedere con l'uccisione di Sasuke. Successivamente ritroviamo il nuovo hokage in compagnia di tre membri della Radice e in questa occasione accenna ad un legame tra Orochimaru ed il suo occhio/braccio destro, affermando che Kabuto è in possesso di alcuni documenti che riguardano questo legame, detto questo lascia il caso Kabuto ad uno dei tre Anbu e, dopo aver scelto i due restanti come guardie del corpo, si appresta ad avviarsi al meeting dei 5 kage, lungo la strada però viene attaccato da dei ninja sconosciuti, in questa occasione, per la prima volta, Danzou si toglie le fasciature sull'occhio destro scoprendo uno sharingan a tre tomoe..
La situazione si fa calda e Naruto, venuto a conoscenza del piano di uccidere Sasuke, si dirige dal Raikage per cercare di fargli cambiare idea.. purtroppo senza esiti positivi..
Sasuke dal canto suo, ignaro della faccenda che lo riguarda e delle condizioni di Konoha, si sta recando al villaggio della foglia per avere la sua vendetta contro i vertici colpevoli della sorte del fratello, a fermarlo è Madara che lo informa del loro insuccesso nella cattura dell'Hacibi, della distruzione di Konoha ad opera di Pain, dell'elezione di Danzou come 6° Hokage e dell'imminente Meeting tra Kage. L'emoboy, senza perder tempo e con il supporto del team Taka, decide di avviarsi al Meeting per cogliere Danzou di sorpresa ed ucciderlo, Zetsu, che era comparso per illustrare parte della situazione, si divide in due e la parte bianca fa da apripista a Sasuke & Co. per il paese del ferro, luogo dove avverrà il meeting ed abitato da Samurai.
Tobi, ormai rimasto solo con la parte nera di Zetsu, accenna di non aver più bisogno per il momento del Gedou Mazou e parla di un piano chiamato "Occhio di Luna".
Sulla via del ritorno Naruto si fa le solite seghe mentali sul perché Sasuke abbia scelto questa strada di odio e vendetta e, quasi senza farlo apposta, si ritrova davanti Madara appena teletrasportatosi li che gli offre una spiegazione sulle scelte dell'erede Uchiha, in questo modo sappiamo che Senju e Uchiha hanno un antenato in comune, costui non è altri che Rikudo Sennin, colui che, viene narrato, sia il fondatore di tutte le tecniche ninja conosciute. Veniamo cosi a conoscenza che egli ebbe due figli, il più giovane ereditò la sua forza fisica (da lui discendono i Senju) e il più vecchio ereditò i suoi occhi (da lui discendono gli Uchiha), al momento di stabilire il suo successore Rikudo scelse il più giovane dei due fratelli e ciò scatenò l'ira del più vecchio che diede il via all'eterno conflitto tra Senju e Uchiha..
La vicenda a questo punto si sposta al meeting dei Kage, si scopre che una delle guardie del corpo che accompagna la Mizukage è in possesso del Byakugan, attraverso il quale smaschera Danzou rivelando a tutti che l'occhio/braccio destro del 6° Hokage apparteneva niente di meno che a Shisui Uchiha, l'amico apparentemente ucciso da Itachi Uchiha per ottenere il Mangekyou Sharingan, nel frattempo Sasuke ha finalmente raggiunto il luogo del meeting ma viene sputtanato da Zetsu che irrompe nella riunione rivelando a tutti la presenza di Sasuke nella zona.. il Raikage, tipo abbastanza avventato, spezza il collo a Zetsu e si lancia subito all'inseguimento distruggendo un po di muri (probabilmente non conosce l'esistenza della porte) e in poco tempo raggiunge Sasuke ed inizia a dare battaglia, la situazione sembra subito in svantaggio per l'Uchiha che le prende di santa ragione, essendo sotto pressione Sasuke decide di ricorrere all'amaterasu che però sembra essere troppo lento per contrastare il Raiton del Raikage che ne velocizza i movimenti, oramai alle strette, poco prima di ricevere un colpo fatale, Sasuke riesce ad usare parzialmente Susanno avvolgendolo col l'amaterasu e a proteggersi, il Raikage però, nonostante il braccio in fiamme non demorde e si lancia in una
Leg Drop bloccata da Gaara con la sabbia, mossa che salva la vita a Sasuke e al Raikage perchè questi stava per essere colpito in pieno da amaterasu. Dopo un breve dialogo tra Gaara e Sasuke quest'ultimo usa Susanoo per abbattere le colonne portanti della stanza e scappare in cerca del suo obbiettivo principale.. Danzou, quando finalmente arriva alla sala del meeting però, Danzou riesce ad aprirsi una via di fuga ma Sasuke si ritrova impossibilitato a seguirlo perché la Mizukage gli blocca la strada..