Sono entrambi entità non fisiche(come puoi vedere alla fine),originate all'inizio dell'universo.
Il gioco non ti dice cosa siano,si sa solo che una di queste,Wilhelm,vuole preservare l'integrità della coscienza collettiva attuando ogni volta l'Eterno Ritorno.
Dall'altra parte chaos invece contiene Anima,che viceversa porta alla distruzione dell'universo.
Potrebbero essere 2 entità create dalla stessa coscienza collettiva,per autobilanciarsi.
Fino ad ora Wilhelm ha sempre avuto la meglio,azzerando chissà quante volte l'universo,ma alla fine di Ep3 si può dire che l'umanità(ovviamente simboleggiata dai vari membri del nostro party) dia una prova di forza sufficiente per far abdicare Wilhelm(se noti lo fa di sua volontà

,e liberarsi così dai vincoli dell'Eterno Ritorno,che il gioco vede come una specie di prigione,di finta libertà,anche se nella visione di Nietszche non lo è.
Il gioco finisce qui,dicendo che ora l'umanità è libera,ha un vero futuro e non un ciclo eterno,ma questo futuro per ora è un'inevitabile distruzione.
Se cosi sarà bisogna purtroppo vedere Ep4,5,6