Ed & Al tornano a Rizembool per farsi riaggiustare, assieme al maggiore Armstrong.
Amaro discorso sulla guerra tra Armstrong e Pinako.
Le due Rockbell ricostruiscono gli automail di Ed in tre giorni e lui a sua volta ricostruisce Al in tre secondi.
I tre lasciano Rizembool (mentre Winry si accorge d'aver dimenticato d'inserire una vite nel braccio di Ed) e giungono a Central City, dove sono accolti dal sottotenente Ross e dal sergente Brosh. Da quest'ultimi i fratelli Elric sono indirizzati verso la Biblioteca Centrale, dove sono contenuti documenti potenzialmente utili per le loro ricerche, riguardanti le scoperte fatte dall'alchimista/dottor Marcoh nell'ambito della pietra filosofale. Sfortunatamente, quella parte della biblioteca è andata perduta nell'incendio scatenato dalla lotta tra gli homunculus e Scar (che nel frattempo si sono ritrovati faccia a faccia nelle fogne, anche se non ci viene mostrato l'esito del combattimento).
Ciononostante, i due riescono a ricostruire il contenuto degli scritti di Marcoh grazie alla straordinaria memoria di tale Sheska, ex dipendente della suddetta biblioteca, che ricorda parola per parola tutti i libri da lei letti (e perciò praticamente tutti quelli contenuti nell'edificio incendiato).
Il libro scritto da Marcoh risulta essere intitolato Mille ricette per un menù, ma il sagace nanetto capisce perfettamente che si tratta di un testo in codice ed i fratelli si mettono a studiarlo. Nel mentre ricevono la visita del tenente colonnello Huges, che scopre così di poter riacqusire importantissimi documenti sulla guerra di Ishbar (durante la quale Marcoh aveva condotto i suoi esperimenti) grazie alla suddetta Sheska, che viene perciò immediatamente assunta & schiavizzata.
A dieci giorni dall'inizio degli studi, Ed & Al riescono a comprendere il testo di Marcoh, ma vengono colti da un misto di ira, delusione, senso d'impotenza e depressione dato che l'ingrediente principale (nonché unico) della pietra filosofale risulta essere la vita di molti esseri umani.
Nel frattempo, scopriamo che lo scontro tra homunculus e Scar si è concluso con la fuga di quest'ultimo.
Dopo un momento di sconforto, Al si riprende e ricorda che Marcoh si era raccomandato di scoprire anche "l'ulteriore verità dietro la verità". Perciò si rimette ad indagare e decide di recarsi al laboratorio n°3, dove Marcoh conduceva i suoi esperimenti, visto che a fianco dell'edificio vi è la prigione ed è facile ipotizzare che i detenuti condannati a morte venissero invece usati per la produzione di pietre filosofali.
Giunti i due Elric al laboratorio, si scopre che questo non è in disuso come risultava essere, ma invece ancora funzionante. Ed entra nel laboratorio, Al resta fuori.
Ed trova un tanto strano quanto grande cerchio alchemico tracciato per terra in un'ampia stanza e nota varie macchie di sangue. Viene qui raggiunto da un uomo in armatura, armato di katana, che si fa chiamare col suo numero da carcerato, e che dichiara di doverlo uccidere. Rivela però anche il suo segreto: la sua anima, in luogo dell'esecuzione, è stata legata con un processo alchemico all'armatura, esattamente come Ed ha fatto con Al.
I due cominciano a smazzuolarsi.
Nel frattempo, anche Al ha incontrato un suo simile, dotato sì di due mannaie, ma sicuramente di un'intelligenza inferiore all'altro carcerato. Anch'egli si rivela e dice di essere stato Barry lo Squartatore, prima di essere arrestato ed utilizzato per esperimenti alchemici.
Ed, intanto, batte il suo nemico (che si scopre essere in realtà mosso dalle anime di due fratelli, una nell'elmo ed una nel busto) e gli chiede di rivelargli chi ci sia dietro a tutti quegli esperimenti umani. Prima che il prigioniero gli riveli un nome, però, Lust ed Envy compaiono dal niente e lo mettono a tacere.
Nell'episodio extra, Al e Roy Mustang si sfidano a duello.