Il mondo di RoF è degradato in seguito ad eventi non meglio precisati in un ambiente totalmente insalubre ed invivibile, costringendo parte dell'umanità a ritirarsi nei pressi del complesso da cui poi sorse la torre di Basel, costruita da tale Redel per regolare in ogni aspetto la vita umana utilizzando il sistema Zenith, capace di regolare il clima, la luce ed in ultimo la morte dei cittadini.
Come diceva Sullivan, infatti, gli umani pre-Basel avevano sviluppato grazie alla loro tecnologia medica una rigenerazione cellulare che li rendeva de facto immortali, ma in seguito al disastro che distrusse il loro mondo elementi patogeni esterni (radiazioni o malattie, non è chiaro) resero questa scoperta un disastro, stimolando all'inverosimile la genesi di tumori e falcidiando l'umanità. Per questo Redel associò in base alla risonanza ogni nuova vita umana ai cristalli presenti nelle profondità di Basel, facendo sì che il cristallo stabilizzasse la vita di ogni persona, assicurandole però "solo" cento anni di vita contro la semi-immortalità degli umani pre-cataclisma.
All'inizio i successori di Redel, consapevoli del funzionamento dei cristalli, crearono la Chiesa (o usarono qualche rimasuglio della Chiesa Cattolica, visti i riferimenti al cristianesimo come il segno della croce o il Dio che viene giudicato e ucciso o ancora il Natale "di cui tutti hanno dimenticato l'origine") ed il sistema dei Cardinali e del Prelato per controllare la popolazione e farla vivere in modo ordinato. Col passare del tempo (un millennio, se ho capito bene), però, i cardinali dimenticarono le loro conoscenze tecnologiche e divennero in tutto e per tutto uomini di Dio, ed allo stesso tempo anche la popolazione perse qualsiasi cognizione del passato della razza umana o del vero funzionamento dei cristalli, ricordati solo come pietre della buona fortuna.
Proprio grazie a quest'ignoranza gli abitanti dei livelli inferiori di Basel iniziarono gli scavi minerari nelle aree cristallizzate di Basel, ma ovviamente scavando nei blocchi di cristallo uccisero inavvertitamente tutte le persone legate ai cristalli danneggiati durante gli scavi (e così morirono tutti gli abitanti di Forsaken e probabilmente di Lucia e Patertopolis). La stessa Prelata, Frida, fu vittima di questo disastro, e visto che nessuno conosceva le cause del fenomeno si pensò ad una malattia, all'ira divina e via dicendo.
Poco prima della morte di Frida si era verificato l'incidente di Lucia, in cui Rebecca, un'umana "evoluta" proveniente dall'esterno di Basel, si era infiltrata nella torre per distruggere Zenith. Per contrastarla il cardinal Antourion aveva inviato le truppe cardinalizie, sconfitte totalmente durante la battaglia che costò la vita al marito della cardinalessa Theresa (non ricordo il nome) e stava per costare la vita anche a Vashyron, soldato della Chiesa che inspiegabilmente sopravvisse all'attacco di Rebecca grazie al primo dei "miracoli" (il segno di resurrezione) su cui poi tornerò. Rebecca, rimasta anche lei in fin di vita, nel frattempo venne salvata da Sullivan, prete della Basilica, che la calmò, capì grazie a lei come stavano davvero le cose a Basel e iniziò a concepire il suo piano.
Il cardinale Rowen, amante e successore di Frida, venne poi avvicinato da Sullivan, che intanto aveva scoperto il funzionamento di Zenith, il legame fra vita umana e cristalli e la realtà dietro alla religione che professava e, dopo aver scoperto la verità, nei vent'anni fra la morte di Frida e l'inizio del gioco diede luogo ad alcune proposte di Sullivan.
La prima (come ricordato da vari npc) era riorganizzare totalmente i diritti minerari nei livelli inferiori di Basel (ed infatti da quando Rowen prese il potere non ci furono più morti istantanee come quelle dei cittadini di Forsaken), la seconda invece era di dar via libera a Sullivan per due progetti che miravano a sperimentare sul legame fra umani e cristalli e sulla possibilità di superare i limiti imposti da Basel tornando ad essere "veri" esseri umani.
Il primo progetto usò venti bambine create per essere identiche a Frida e monitorate dalla nascita per trovare subito i loro cristalli: ogni anno venne rotto un cristallo in modo da confermare il legame con le vite delle giovani, finché la ventesima, Leanne, non venne liberata per grazia di Rowen visto che ormai il suo tempo stava esaurendosi. Capendo di avere i giorni contati Leanne decise di suicidarsi buttandosi da un palazzo del Chandelier la notte di Natale, ma venne salvata da Zephyr e, durante la caduta, non morì grazie al segno di resurrezione (come confermato da Zephyr durante un dialogo in battle a Lucia) venendo salvata esattamente come prima era successo a Vashyron.
Il secondo progetto, invece, coinvolse l'area di Cranktown e venne condotto usando la copertura di un seminario per educare come sacerdoti gli orfani ed alcuni bambini della zona, gestito dalla diocesi del cardinal Lagerfeld. Questi orfani erano in realtà esperimenti di Sullivan creati usando Rebecca in modo da diventare "veri umani" come quelli sopravvissuti e mutati all'esterno di Basel, cresciuti in un clima di controllo del pensiero (come ricordato da molti npc) in modo da evitare che potessero sviluppare qualsiasi libera iniziativa. Quando Zephyr (uno degli orfani) capì cos'era davvero perse la fede, impazzì dall'orrore e sterminò tutti i suoi compagni, finendo poi per essere fermato da Vashyron, che nella collutazione lo uccise salvo trovarlo illeso pochi secondi dopo, per lo stupore suo e di Lagerfeld (anche qui era all'opera il segno di resurrezione). Zephyr finì per esser preso in custodia da Vashyron, mentre Lagerfeld entrò in crisi (non è chiaro se sapesse o meno degli esperimenti e fosse complice di Sullivan e Rowen).
All'inizio del gioco, quindi, il party è composto dagli unici tre umani in tutta Basel che abbiano violato il funzionamento di Zenith ed il loro legame coi cristalli (nel caso di Zephyr la cosa è ancora più vera, visto che essendo frutto degli esperimenti di Sullivan su Rebecca non è un umano di Basel a pieno titolo).