Da terminale:
sudo apt-get remove ubuntu-restricted-extras
Con questo, rimuovi tutti i codec, i font proprietari etc... poi:
sudo apt-get install ubuntu-restricted-extras
con questo reinstalla tutto da capo.
Per la distro sì, puoi usare la pendrive. Scarichi una .iso e usi un programma (unetbootin, suse imagewriter, rufus) per montarla sulla penna. Poi avvii da live.