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Sì, però....non mi sembra pratico così, poi per carità, fai come ti pare...non ci metti niente a farlo ( a meno che tu non abbia un PC proprio dell'anteguerra, ultralento ), e prima che tu finisca l'SD da 16/32 GB ce ne vuole proprio.....imho non vale la pena fare il cambio ogni tanto. Preferisco usare una SD sola e formattare le vecchie, piuttosto che avere dati stravecchi e nuovi in SD diverse....questo discorso potevo capire con Wii che alcuni giochi accettavano solo SD da massimo 2 GB ( mi viene in mente Endless Ocean 1 o Animal Crossing in cui le foto vengono conservate solo se l'SD è massimo 2GB ), ma col 3DS non c'è questo limite, quindi mi sembra inutile avere più SD diverse IMHO.
Tra l'altro per cambiare le SD devi per forza spegnere ed accendere la console, altrimenti fai solo danno.